Último día en ISMB.
Empezamos el día con la magnífica conferencia magistral de
Richard Roberts.
Inició su charla con una transparencia apoyando el acceso libre a la literatura científica (Open Access). Nos contó que ya no hace evaluaciones para revistas científicas que no hagan parte de este movimiento, ni tampoco hace parte de sus comités editoriales. Y sugirió obrar de similar manera.
El objetivo es que toda la literatura este públicamente disponible en línea, de esa forma podremos empezar a explotar todos esos datos y hacer, tal vez, descubrimientos biológicos. Muchos descubrimientos se han hecho tarde por falta de acceso a la literatura relevante. Esa es la primcipal motivación del movimiento.
A continuación, exhortó a la comunidad bioinformática a realizar verificaciones de sus predicciones computacionales. Parafraseándolo: "Nadie va a probar las predicciones hechas por alguién mas". Así que a colaborar mas con experimentalistas.
El siguiente punto que tocó fue su falta de confianza en la biología de sistemas. su razón: No estamos en un momento en que podamos realizar biología al nivel de sistemas en la forma enque está propuesta por que necesitamos todavía mucha mas información básica, bioquímica. Es cierto que tenemos a disposición largos listados de componentes celulares, pero hace falta conocer la(s) función(es) de la mayoría de estos componentes.
Junto a esto,
menciona que es prácticamente criminal la cantidad de dinero que se viene invirtiendo en los proyectos de secuenciación, sin una inversión concomitante en proyectos de anotación.
La siguiente parte de su charla trató sobre su trabajo científico en
New England Biolabs. Está compañia vende
enzimas de restricción, así que sobre estas habló.
El punto mas interesante, que es el que consignaré aquí, fue sobre como de los datos de secuenciación de genomas (
Whole genome shotgun sequencing, WGSS en adelante) todavía se pueden extraer ciertos hechos interesantes y biológicamente relevantes.
Las enzimas de restricción (ER, en adelante) se encuentran en bacteria y archaea, y cumplen la tarea de destruir ADN exógeno, reconociendo y cortando en secuencias cortas copn alta especificidad. Para evitar que las ER destruyan el ADN local, estos organismos tienen enzimas de modificación (EM), que generalmente metilan al ADN en las mismas secuencias de reconocimiento de las ER. En la mayoría de los casos ER y EM están codificadas de forma contigua en el genoma.
Que tiene que ver eso con WGSS?
Primero recordemos brevemente que es el WGSS. El genoma completo de un organismo se hace pedazos de forma aleatoria, y cada fragmento es clonado en una bacteria, usualmente
Escherichia coli. Luego cada fragmento es secuenciado y en un último paso las secuencias de cada fragmentos se ensamblam para reconstruir el genoma inicial.
Ahora si, que tienen que ver ER y WGSS. Si uno de estos fragmentos generados al azar contiene la secuencia completa de una ER que no se encuentra nativamente en el organismo en el que se clona e.g.
E. coli, es posible que esta enzima sea transcrita y traducida, y empiece a degradar el genoma, lo que terminará matando a la bacteria, por lo que será imposible recuperar clones que incluyan esos fragmentos. Por lo tanto habrá "gaps" en el mapa de clones del genoma. Esto fue lo que el grupo de Roberts buscó en los datos originales de secuenciación de
Haemophilus influenzae, que eran mantenidos en el sotáno de
TIGR en cinta magnética.
Ellos encontraron que había gaps en el mapa de clones, y que el gap era seguido por la secuencia de una enzima de modificación, tal y cual había sido predicho. Esto permitió descubrir nuevas ER, cuya función y actividad fue confirmada experimentalmente.
Bueno, esta fue la resumida bitácora de ISMB2006.
