Visit to Poland: Roche 454 GS Junior Data

I was visiting my friend Miroslaw Kwasniewski an Assistant Professor at the University of Silesia in Katowice, Poland. He is got a GS Junior 454 machine which I wanted to check out. Besides that, he wanted some help with their bioinformatics servers and pipelines.

I was just looking at one dataset, transcriptomics from barley, obtained from the GS Junior, and read counts, read lengths and quality are all great, very impressive. I have some statistics obtained using FastQC, after exporting the SFF file from GS Junior to FastQ format using sff_extract.

This is the distribution of the read quality on a per base basis. As you can see, reads can be well over 400, around 500bp with Phred qualities above 20.

The sequence length distribution has a nice peak around 500 bp.

GS Junior could achieve 100.000 reads throughput, Mirek was getting 150.000 reads.

GS Junior seem to be quite good for sequencing low complexity samples. Quality and length of the sequencing reads is great, but depth for a e.g., full transcriptome in angiosperms, would be either challenging or too expensive. It is great for amplicon sequencing, bacterial genome sequencing, virus genome sequencing, i.e., would be great for the phages (!).

Evolución de las plantas I

Las plantas son organismos eucarióticos fotosintéticos, lo que quiere decir que 'fabrican' los materiales que necesitan para vivir a partir de agua, dióxido de carbono y luz solar.

Las plantas aparecen en la tierra aproximadamente hace 1.400 millones de años, cuando una célula eucariótica que se alimentaba de cianobacterias (bacterias con la capacidad de hacer fotosíntesis), no digirió a la bacteria sino que la mantuvo intacta en su citoplasma. Con el tiempo y las generaciones esta bacteria se convirtió en un simbionte, que fue reduciendo de tamaño y pasó a depender completamente del organismo hospedero, convirtiéndose de hecho en un organelo de este, el cloroplasto, que es el organelo en donde tiene lugar la fotosíntesis. Este proceso se conoce como endosimbiosis, y ha ocurrido varias veces a lo largo de la evolución.

La siguente figura resume las relaciones evolutivas de los principales grupos de plantas existentes hoy en día. De la endosimbiosis original hace mas de 1.400 millones de años se derivaron tres grupos principales, las glaucofitas, las algas rojas (rhodophyta) y las plantas verdes (Chloroplastida). La inmensa mayoría de las plantas que conocemos y que están en nuestras casas son de este último tipo.


Ya vendrá mas información relacionada con la evolución de estos maravillosos organismos.

Factores de transcripción bZIPs en plantas - Nube de etiquetas

Tenemos que un artículo sobre la familia de factores de transcripción bZIP, que acabamos de enviar a PLoS ONE, en segunda vuelta. (actualización: artículo publicado el 12.08.08)

Aquí está la nube de etiquetas para que se haganuna idea de que trata el artículo.

Factores de transcripción en Chlamydomonas

Siguiendo el ejemplo de Clastic Detritus y Green Gabbro, aquí va la nube de etiquetas (creada con TagCrowd) de uno de mis artículos recientes, que fue publicado en Genetics (Vol 179 No. 1, pp 31-39). Chlamydomonas es un alga verde, y el artículo trata de las familias de factores de transcripción es esta alga y otras plantas.