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martes, agosto 08, 2006

ISMB2006, Agosto 8: Conferencias

En un nuevo día, capoeira:



La charla magistral de la mañana estuvo a cargo del famoso Michael Waterman, el mismo del algoritmo Smith-Waterman para el alineamiento de secuencias, por si acaso. El recibía el premio a "Senior scientist accomplishment".

Su charla estaba titulada "Whole Genome Optical Mapping", pero como afortunadamente siempre pasa con estos grandes hombres, nombres. La primera parte consistió en un poco de su historia en el área de biología computacional. Excelente y divertida. Referencias a su encuentro con Stan Ulam (Método de Monte Carlo) y luego con Temple Smith, con quién publicaría el artículo de alineamiento de secuencias. Y mas tarde con David Lipman )ahora director del NCBI, quién recibio este mismo premio en ISMB2004). Un par de referencias a artículos rechazados, artículos que luego serían el fundamento de mucho de lo que es hoy bioinformática. Una de las razones por las cuales los artículos fueron rechazados es que no existía un nicho para ese tipo de publicaciones. Y los artículos no eran ni de biología ni de matemáticas. Una referencia común poara todos aquellos que han iniciado un nuevo campo de investigación.

Luego de ese corto recuento histórico, habló sobre "whole genome optical mapping".

Luego vino la charla de Amos Bairoch (Swiss Prot), como parte del panel "Nuevas Fronteras", que trataba sobre financiación en bioinformática. El problema que plantea es la falta de financiación a largo plazo para manterner centros de datos. Su propuesta, que ambisiosamente quiere llamar "La declaración de Fortaleza", es crear una especie de impuesto para cada proyecto que genere grandes cantidades de datos que se tienen que mantener disponibles, accesibles y seguros a largo plazo. Este impuesto sería una parte del dinero otorgado para la financiación del proyecto.

Estas son algunas de las repsuestas del auditoria a la propuesta:


  • No todos los proyectos deben pagar lo mismo. Pequeños proyectos deben pagar muy poco o nada, mientras que grandesconsorcios pagarían mas.

  • En nuestra comunidad estamos acostrumbrados a compartir libre y públicamente los datos, pero no ocurre lo mismo en otros círculos. Así que se necesita educación en esa tema.

  • Es importante ofrecer servicios adicionales, que haya mayores incentivos para que grandes proyectos destinen parte de su financiación al manejo y mantenimiento de datos.



Esa es la propuesta de Amos, obviamente mucho camino que recorrer. Y veo difícil "sacarle" una "tajada" a los proyectos de investigación "solo" para mantener los datos disponibles, como se sugirió en la discusión parte del atractivo que hay que crear es ofrecer servicios adicionales, cuales?, esa es la pregunta.

Aclaro, en este blog solo aparecerán comentarios/resúmenes sobre las charlas que no aparecen en el número especial de Bioinformatics. Así que, hasta mañana.

ISMB2006, Agosto 7: Conferencias

Hoy comenzó oficialmente el evento, y nada mejor que un poco de folclor brasilero para motivarnos.



Ahora si sobre algunas charlas. Hubo una demostración de software del EBI, presentando EBIMed, otra herramienta (ver entrada de ayer) para la explotación de textos en MEDLINE.

Luego tuvimos un par de charlas, parte del panel coordinado por Goran Neshich de Embrapa, sobre "Nuevas fronteras en Bioinformática y Biología Computacional". Que retos enfrentaremos en los próximos 10 años.

La primera charla estuvo a cargo de Janet Thornton, e insistía en que los nuevos retos de la bioinformática yacen en la transferencia de información y tecnologías hacia los campos de medicina y agricultura. Parte del reto está en el manejo de nuevos tipos de datos, como radiografias, pruebas clínicas, etc. Otra parte del reto es cumplir a las farmaceúticas en el desarrollo de nuevas drogas, mucho se especulo sobre esto con la secuenciación de genomas, pero hasta ahora poco ha resultado.

En resumén, según Janet, necesitamos:

-Aumento en educación en bioinformática.
-Modelos predictivos.
-Infraestructura bioinformática para la investigación clinica.
-Entender las bases moleculares de las enfermedades.

Y uno de los principales problemas a los que nos veremos enfrentados es que gran parte d elos datos son privados/protegidos, o por patentes o debido a la relación de confidencialidad paciente/doctor.

La segunda charla, ofrecida por Chris Sander. Una excelente y provocativa charla. Aquí están los siete puntos que según Chris constituyen los retos a los que nos veremos enfrentados en los próximos 10 años:


  1. Making biological function computable.

  2. Better quantitative models of evolution.

  3. Models of cellular decision process.

  4. Synthetic biology, nanotech and systems design.

  5. Neurobiology: From molecules to thinking.

  6. Genetic and somatic variations in humans.

  7. Close the gap between experiments and computation.

  8. Inform the public.



Esas fueron las sesiones mas provocativas del día.