Factores de transcripción en las plantas

Este es el tema de mi tesis de doctorado y en estos momentos estoy preparando la presentación final de mi trabajo de los últimos 4 años. Buscando formas novedosas de visualizar algunos datos me encontré con Many Eyes, espectacular.

Aquí les dejos algunoas de los gráficos que creé del número de factores de transcripción por especie y por familia de factores.

GCB 2008 - charlas sobresalientes

La semana que pasó estuve en Dresden asistiendo a la conferencia alemana de bioinformática. En general el nivel de las charlas fue muy bueno. Dos de las "keynotes" me parecieron excelentes, la de Trey Ideker y la de Michael Ashburner. La primera trató sobre biología de sistemas, y la segunda sobre el uso, pasado, presente y futuro de las ontologías en biología.

Les dejo una pequeña presentación en PDF con los principales puntos de las charlas.

GCB 2008 en Dresden

Esta semana se lleva acabo la conferencia alemana de bioinformática (GCB2008) en la hermosa ciudad de Dresden, los organizadores han escogido el museo alemán de la higiene como sede del evento.

Aquí les dejo una mujestra de una de las maravillas que se encuentran en las cercanías del museo.



Mas adelante habrá una entrada con un resumen de las presentaciones que mas me impactaron/interesaron. Hasta la próxima.

Evolución de las plantas I

Las plantas son organismos eucarióticos fotosintéticos, lo que quiere decir que 'fabrican' los materiales que necesitan para vivir a partir de agua, dióxido de carbono y luz solar.

Las plantas aparecen en la tierra aproximadamente hace 1.400 millones de años, cuando una célula eucariótica que se alimentaba de cianobacterias (bacterias con la capacidad de hacer fotosíntesis), no digirió a la bacteria sino que la mantuvo intacta en su citoplasma. Con el tiempo y las generaciones esta bacteria se convirtió en un simbionte, que fue reduciendo de tamaño y pasó a depender completamente del organismo hospedero, convirtiéndose de hecho en un organelo de este, el cloroplasto, que es el organelo en donde tiene lugar la fotosíntesis. Este proceso se conoce como endosimbiosis, y ha ocurrido varias veces a lo largo de la evolución.

La siguente figura resume las relaciones evolutivas de los principales grupos de plantas existentes hoy en día. De la endosimbiosis original hace mas de 1.400 millones de años se derivaron tres grupos principales, las glaucofitas, las algas rojas (rhodophyta) y las plantas verdes (Chloroplastida). La inmensa mayoría de las plantas que conocemos y que están en nuestras casas son de este último tipo.


Ya vendrá mas información relacionada con la evolución de estos maravillosos organismos.

tesis: la frontera final

Estoy a punto de por fin entregar mi tesis de doctorado.

Luego de entregarla tengo que esperar approx. 2 meses por las evaluaciones de 4 expertos en mi área de trabajo. Si las evaluaciones recomiendan continuar con el proceso tendré que hacer una presentación pública de mi trabajo. Así que este apenas es el principio del final!

Mientras tanto aquí les dejo un representación gráfica de lo que hice en los últimos años.


La nube de palabras (word cloud) fue creada con Wordle

Bio-números

De vez en cuando, en el marco de diferentes análisis es importante hacer referencia a diferentes propiedades numéricas de los organismos, como número de chromosomas, tamaño del genoma, número de tipos celulares, etc. Y siempre toma bastante tiempo encontrar las referencias primarias. Afortunadamente un equipo del departamento de biología de sistema en harvard, decidio crear una base de datos, Bionumbers, en la cual almacenar y hacer públicos esos datos, con referencias a los reportes originales.

Además, cualquiera, luego de registrarse, puede agregar nuevos números biológicos, siguiendo la misma filosofía de la wikipedia.

Así que, a agregar mas bio-números.

Albert Einstein on Religions from a letter to Jewish philosopher Eric Gutkind

Palabras de Don Albert Einstein sobre sus creencias religiosas:

"The word god is for me nothing more than the expression and product of human weaknesses, the Bible a collection of honourable, but still primitive legends which are nevertheless pretty childish. No interpretation no matter how subtle can (for me) change this."

Mayor información: The Guardian and The Guardian

Factores de transcripción bZIPs en plantas - Nube de etiquetas

Tenemos que un artículo sobre la familia de factores de transcripción bZIP, que acabamos de enviar a PLoS ONE, en segunda vuelta. (actualización: artículo publicado el 12.08.08)

Aquí está la nube de etiquetas para que se haganuna idea de que trata el artículo.

Factores de transcripción en Chlamydomonas

Siguiendo el ejemplo de Clastic Detritus y Green Gabbro, aquí va la nube de etiquetas (creada con TagCrowd) de uno de mis artículos recientes, que fue publicado en Genetics (Vol 179 No. 1, pp 31-39). Chlamydomonas es un alga verde, y el artículo trata de las familias de factores de transcripción es esta alga y otras plantas.

Las cinco emociones de estar escribiendo la tesis

Corto y al punto:
Desesperanza, frustración, irritabilidad, alivio, robot.
Buena entrada en Green Gabbro