Dos excelentes presentaciones:
Primera por Tamas Vicsek presentando su enfoque sobre extracción de comunidades en redes complejas, muy intereante. Básicamente lo que presentó se encuentra en su artículo de Nature. Para resaltar, está el hecho de que la forma de buscar comunidades propuestas acepta el sobrelapamiento de comunidades, un nodo puede pertenecer a mas de una comunidad, de la misma forma en que una persona, por ejemplo, pertenece a varias comunidades: profesionales, familia, deportes, etc. Esta es la principal diferencia con modelos anteriores jerárquicos en los que una vez un nodo dado es asignado a una comunidad, este ya no puede pertenecder a otra. La utilidad de este enfoque fue demostrada analizando redes de colaboración cientifica, asociación de palabras y de interacciónm de proteínas, con excelentes resultados.
En el caso de interacciones entre proteínas es interesante que el grupo de Vicsek encontró por un lado que diferentes comunidades a las que pertenece una protein, reflejan diferentes funciones, y por otro lado que encontrar que una proteina pertenece a una comundad dada podría azudar a asignar una función a esa proteína, algo que es de gran utilidad en la anotación de genomas.
Segunda por Henrik Lund de Dinamarca, presentando ¨Legos inteligentes¨, para ayudar en el desarrollo de habilidades cognitivas a niños con problemas de aprendizaje (dislexia) y/o para "combatir" los problemas de obesidad infantil, haciendo que los niños se muevan mas mientras juegan con robots.
Es un enfoque interesante, pero controversial. Parte de la idea de fomentar la actividad fisica, mediante el juego, en niños con el fin de dismunir la tasa de obesidad infantil, puede que cumpla con el fin, pero en el camino parte de la actividad creativa en el juego se pierde, y es el ¨lego¨quien dirige la actividad de manera autónoma . . . Claro, es un primer prototipo y seguramente esto podra recibir mas atención y otras forma de interacción prodrán ser implementadas.
Mas información se puede encontrar en www.adaptronics.dk.
martes, noviembre 15, 2005
lunes, noviembre 14, 2005
ECCS 2005 Sesion de la tarde 14.11
Hubo una charla muy interesante en la sesión de la tarde. Fue presentada por Marc Barthelemy.
Los principales puntos de la charla fueron:
1. Hay mas que topología en una red. Hasta ahora la moyoria de modelos y descripciones de redes se han enfocado en la topología: distribución de probabilidad del grado de un vertice, clustering, etc.
2. Los pesos de los vinculos son importantes. Por ejemplo el tráfico en redes de transporte aéreo, los flujos heterogeneos en redes metabólicas, etc.
Puede ser diferente un nodo con muchos vinculos, pero poco tráfico por vínculo a uno con pocos vínculos pero con mucho tráfico por vínculo.
Los principales puntos de la charla fueron:
1. Hay mas que topología en una red. Hasta ahora la moyoria de modelos y descripciones de redes se han enfocado en la topología: distribución de probabilidad del grado de un vertice, clustering, etc.
2. Los pesos de los vinculos son importantes. Por ejemplo el tráfico en redes de transporte aéreo, los flujos heterogeneos en redes metabólicas, etc.
Puede ser diferente un nodo con muchos vinculos, pero poco tráfico por vínculo a uno con pocos vínculos pero con mucho tráfico por vínculo.
ECCS 2005 Introduccion
Hoy comenzó la "European Conference on Complex Systems", voy a tratar de mantener esta bitácora.
En la sección introductoria encontré tres aspectos que resultan bastante interesantes:
Uno de los coordinadores se referió brevemente a los disturbios que se han presentado en las ultimas semanas en Paris, lo interesante es el vínculo entre estos disturbios y los desarrollos de las tecnologías de la información en los últimos años. Sin Internet y Mensajes de Texto en los celulares difícilmente habrian habido disturbios. Una consecuencia de nuestra sociedad interconectada.
Michel Rocard, el anterior Primer Ministro Francés, parece estar sinceramente interesado en las ciencias de la complejidad, y en la manera en que estas pueden ayudar a resolver problemas reales, como por ejemplo, la creación de oportunidades de empleo sin incrementar la inflación, entre otras.
Georges Haddad, Científico que ha trabajado en complejidad y ahora Director de la División de Educacion Superior de la UNESCO, dió una charla interesante aunque un poco larga
Lo mas interesante fue una crítica a algunas imposiciones del Banco Monetario Internacional a algunos paises en vias de desarrollo. No recuerdo que paises mencionó, pero la obligación era crear 20000 posiciones para profesores universitarios en unos cuantos meses. Lo cual es una completa irresponsabilidad. Como se van a capacitar en pocos meses tantos
profesores, se va a sacrificar calidad por cantidad, desafortunadamente.
Eso fue lo mas interesante en la sesión de la mañana. En la tarde se inicia la sesión sobre modelado de redes, que voy a seguir a lo largo de estos tres días.
En la sección introductoria encontré tres aspectos que resultan bastante interesantes:
Lo mas interesante fue una crítica a algunas imposiciones del Banco Monetario Internacional a algunos paises en vias de desarrollo. No recuerdo que paises mencionó, pero la obligación era crear 20000 posiciones para profesores universitarios en unos cuantos meses. Lo cual es una completa irresponsabilidad. Como se van a capacitar en pocos meses tantos
profesores, se va a sacrificar calidad por cantidad, desafortunadamente.
Eso fue lo mas interesante en la sesión de la mañana. En la tarde se inicia la sesión sobre modelado de redes, que voy a seguir a lo largo de estos tres días.
martes, noviembre 01, 2005
Scriptoma (Scriptome)
El "scriptoma" es una colección de scripts en perl (one-liners) para el procesamiento de datos, que se ejecutan en la línea de comandos en cualquier sistema operativo, el único requisito es tener Perl instalado. Recientemente el scriptoma ha aparecido en varias fuentes de noticias (nodalpoint, perl.com), lo que motivo este post.
Yo vi los primeros mensajes sobre el proyecto en la lista de correo de bioperl, por allá en mayo de 2005, y empecé a usarlo hace un par de meses. Para mí el scriptoma ha sido de bastante utilidad. Yo me considero un usuario avanzado de perl, pero nunca le he prestado mucha atención a los one-liners, y este proyecto me presenta la oportunidad de llenar ese vacío.
El objetivo de los creadores del scriptoma es que biólogos no programadores (BNP) lo usen en sus tareas simples de procesamiento de datos. Tareas tales como: ordenar por la tercera columna en orden ascendente un archivo de texto separado por tabulaciones con 50000 registros, obtener un estadístico dado en la quinta columna, unir dos archivos mediante una clave común, extraer los casos comunes entre dos archivos, etc.
Puede resultar doloroso tratar de resolver algunas de estas tareas usando una hoja de cálculo, devido al elevado número de registos, en cambio con un pequeño script la tarea se lleva a cabo en unos poco segundos. Alternativamente para unir archivos mediante claves comunes uno podría usar MS-Access o cualquier otro cliente SQL (MySQL es mi favorito), pero la mayoría de los BNPs no están interesados en aprender a usar MS-Access, por un lado, y por otro, el scriptoma tiene un rango mucho mas amplio de utilidad.
Para los biólogos programadores el scriptoma es útil por que demuestra el poder de perl en una sola línea de comando, y se pueden aprender varios trucos y atajos de esta forma. Para los BNPs, cada script se puede usar como una caja negra (que es lo que generalmente los BNPs piden, quieren) a la que se le dan los datos en cierto formato y se obtiene un resultado, obviamente el resultado será bastante simple: ordenar una columna, obtener el valor medio de otra, etc. Pero este es necesariamente el primer paso para análisis mas interesantes.
No me cabe duda de que el scriptoma será de muchísima utilidad para los biólogos que vengan con intenciones de programar. En cambio, dudas aparecen en cuánto a la utilidad que le puedan prestar a los BNPs en la realidad, principalmente por el desdeño que muestran hacia el uso de computadores de formas inteligentes, muchas veces prefieren "cortar y pegar" por horas.
Yo vi los primeros mensajes sobre el proyecto en la lista de correo de bioperl, por allá en mayo de 2005, y empecé a usarlo hace un par de meses. Para mí el scriptoma ha sido de bastante utilidad. Yo me considero un usuario avanzado de perl, pero nunca le he prestado mucha atención a los one-liners, y este proyecto me presenta la oportunidad de llenar ese vacío.
El objetivo de los creadores del scriptoma es que biólogos no programadores (BNP) lo usen en sus tareas simples de procesamiento de datos. Tareas tales como: ordenar por la tercera columna en orden ascendente un archivo de texto separado por tabulaciones con 50000 registros, obtener un estadístico dado en la quinta columna, unir dos archivos mediante una clave común, extraer los casos comunes entre dos archivos, etc.
Puede resultar doloroso tratar de resolver algunas de estas tareas usando una hoja de cálculo, devido al elevado número de registos, en cambio con un pequeño script la tarea se lleva a cabo en unos poco segundos. Alternativamente para unir archivos mediante claves comunes uno podría usar MS-Access o cualquier otro cliente SQL (MySQL es mi favorito), pero la mayoría de los BNPs no están interesados en aprender a usar MS-Access, por un lado, y por otro, el scriptoma tiene un rango mucho mas amplio de utilidad.
Para los biólogos programadores el scriptoma es útil por que demuestra el poder de perl en una sola línea de comando, y se pueden aprender varios trucos y atajos de esta forma. Para los BNPs, cada script se puede usar como una caja negra (que es lo que generalmente los BNPs piden, quieren) a la que se le dan los datos en cierto formato y se obtiene un resultado, obviamente el resultado será bastante simple: ordenar una columna, obtener el valor medio de otra, etc. Pero este es necesariamente el primer paso para análisis mas interesantes.
No me cabe duda de que el scriptoma será de muchísima utilidad para los biólogos que vengan con intenciones de programar. En cambio, dudas aparecen en cuánto a la utilidad que le puedan prestar a los BNPs en la realidad, principalmente por el desdeño que muestran hacia el uso de computadores de formas inteligentes, muchas veces prefieren "cortar y pegar" por horas.
Suscribirse a:
Entradas (Atom)
